El Jardín Botánico fue en origen una huerta dependiente de los Jesuitas que pasó a la Universidad, al igual que el colegio, tras la expulsión de los jesuitas. Su realización fue consecuencia del nuevo plan de estudios universitario de 1776, en el que se reconocía la necesidad de hacer prácticas en el mismo con fines médicos y medicinales.

No obstante, hemos de esperar hasta 1836-1842 para que se haga realidad. El cercado exterior, con las tapias, portadas y enrejado, se realizó en torno a 1875 bajo la dirección del arquitecto Juan Pugnaire.

Destacan en la portada de la calle Duquesa dos medallones en mármol de Carrara con los bustos de dos celebres botánicos, Mariano La Gasca y José Cavanilles, obras del escultor Francisco Morales. La portada de la calle Málaga supone una ampliación del recinto inicial y se realizó en 1896, con proyecto presentado en 1887 por el arquitecto Juan Montserrat Vergés.

En el interior se conservan numerosas especies ordenadas por calles, parterres y glorietas, con nombres de botánicos, utilizándose para clases prácticas de distintas Facultades, aunque su valor estético prima, por su situación urbana, sobre el científico que justificó su creación. Unos cuantos cartelones explican la historia del Jardín, las especies más importantes, la especificidad de algunos parterres o cuadros, etc.

Hay una escultura de bronce, copia de la de Navas Parejo, dedicada a Mariano del Amo, primer decano de Farmacia, y un monumento dedicado a Giner de los Ríos. En un rincón pueden verse los restos del antiguo estanque de la huerta jesuítica, posteriormente destinado a las plantas acuáticas.