Lugar relevante dentro del patrimonio de Monachil ocupa la Iglesia de la Encarnación. Fundada en 1501 y, probablemente, construida sobre la antigua mezquita aljama -una de las tres que tenía Monachil- ya que, aunque algunos sostienen que ambas estaban distantes, Gómez Moreno opina que la mezquita va sufriendo reformas hasta adaptarse a templo cristiano hasta que, en el siglo XVII, es enteramente reconstruida.
El templo primitivo dispondría de tres estrechas naves separadas con arquerías estando cubierta su nave central con una armadura y las dos laterales con alfarjes inclinados (colgadizos), coincidiendo sus dimensiones con las de la antigua mezquita. En 1562-1563 se amplía al construirse la actual Capilla Mayor y la Torre pero, a pesar de sucesivas reparaciones, en 1655 y 1656, como antes citábamos, se decide reconstruirla según proyecto de Alonso Benítez. Dicho proyecto traza una Iglesia de planta rectangular y una sola nave que tendría adosada una capilla bautismal en el lado de la Epístola. Se cubre la nave de oración con una armadura mudéjar, muy restaurada, de par y nudillo que se remata, en los pies, con un faldón de lima bordón. En el lado del Evangelio se sitúa la Sacristía, justo debajo de la torre. Aunque todo el templo responde a un ejemplo de arquitectura mudéjar, la Capilla Mayor es la parte más antigua, junto con la torre, cubriéndose con armadura ochavada de madera, decorada con ruedas de lazo de ocho y vistosos colgantes en el paño central, respondiendo, según José Manuel Gómez-Moreno Calera, a un claro exponente de cubierta mudéjar del XVI.
De paredes lisas y blanqueadas, destaca en su interior el retablo Mayor, de estilo renacentista granadino y uno de los mejores de la provincia. Aunque ya en 1592 estaba instalado en el Altar Mayor, está compuesto de dos retablos distintos: uno, más antiguo, en el que estaban colocadas las tablas actuales y otro, algo posterior, aunque también renacentista, en el que se encajó el anterior. En el primer piso, a ambos lados de una hornacina con una Inmaculada, dos tablas que representan a San Pedro y San Pablo, reconocibles por sus atributos, la llave y la espada; en el segundo, dos tablas de San Juan Bautista y San Juan Evangelista enmarcan el Calvario; por fin, en el remate superior, entre dos tondos, una Anunciación, al óleo sobre lienzo, del XVII. Obras, si no del pintor Pedro Machuca –opinión de Gómez Moreno-, con seguridad, de su taller. Destacan, igualmente, las imágenes de San Antón –patrón de Monachil- del XVII, acompañado de su marrano, y San Blas, algo más moderno.
Exteriormente presenta obra mudéjar de muros de ladrillo con cajones de mampostería y un juego de cornisas no frecuente: sobre una primera, la habitual, se apoya un tramo liso que soporta una segunda cornisa, sobre la que se colocan tacos pareados en los que se apoya una tercera, de mayor altura que las anteriores. Probablemente, se pretendía elevar la altura del templo. En cuanto a las portadas, también del siglo XVII, destaca la principal en la que un arco, apeado en pilastras, es enmarcado por pilastras toscanas y entablamento liso, todo ello de ladrillo. Sobre ella, una ventana central flanqueada por los escudos en piedra del arzobispo José Argais, tallados por Pedro de Soriana. La portada lateral es más sencilla, aunque de estructura parecida: arco sobre pilastras enmarcado por un alfiz, ambos de ladrillo.
