La principal de las parroquias, que está en el centro de la ciudad es Santa María de la Encarnación o iglesia mayor o matriz. Se llama así pues todas las iglesias mayores o matrices de este arzobispado de Granada, las titularon los señores Reyes Católicos, Santa María de la Encarnación así se justifica la denominación de este templo en el diccionario geográfico de Tomás López.
Las primeras obras de su construcción datan de 1.491 sobre el solar de la antigua mezquita aljama a iniciativa del obispo de Málaga, don Pedro de Toledo. Se tienen datos de que este primitivo templo estaba finalizado en 1535 pues consta que ese año se le pagó a Pedro Machuca la hechura del retablo. No obstante, las sucesivas ampliaciones y mejoras se prolongaron hasta entrado el XVIII por lo que es un ejemplo de convivencia de los gustos artísticos de las tres centurias (gótico-mudéjar, renacentista y neoclásico).
Para la primera ampliación realizada por Alonso Verdejo hacia 1587 se adquirieron las plazas colindantes. A estas sucederían otras especialmente importantes entre las décadas 1620 a 1650. Para la conclusión de la iglesia y su capilla mayor habría que esperar aún hasta el último tercio del siglo XVIII. Un incendio en 1923 iniciado en la casa rectoral destruyó el techo del Sagrario. En la noche del 19 al 20 de enero de 1936 fue incendiada lo que provocó daños irreparables en la cantería y solería, así como la pérdida irreparable de imágenes, retablos, cantería, etc.
Las obras de restauración se prolongaron de 1937 a 1940 coordinadas por el arquitecto Francisco Prieto Moreno y las piezas ornamentales corrieron a cargo de los escultores Garnelo y Gálvez, Domingo Sánchez Mesa y Ramos y Barbero.
Tiene este templo que destaca por sus grandes proporciones planta de cruz latina. Cuenta con tres naves, estando la central elevada con respecto a las laterales. Los arcos diafragmas y armadura a doble vertiente alojan las capillas laterales entre los contrafuertes. En el centro aparece un tabernáculo sostenido por dieciséis columnas de mármol blanco en grupos de cuatro. El ábside y capillas del crucero están construidas con posterioridad, quizá hacia el siglo XVIII, son semicirculares y llaman la atención por su sencillez. La portada de entrada está compuesta por columnas sobre plinto con capiteles de volutas, y encima florones y pirámide. También aparece un relieve de la Anunciación.
Entre los valores artísticos de esta antigua colegiata sobresalen el retablo renacentista de Miguel Sánchez y Pedro Machuca (1535), una gran custodia de plata de Francisco Téllez (1581), un portaviático de plata y oro del siglo XVII, así como un cáliz de oro de este mismo siglo, además de ciriales y cruz procesional de plata. Así mismo, entre sus muros se conserva una lápida cuadrangular de un arca paleocristiana de mármol de Génova con una inscripción latina. También cuenta con una pila bautismal con el escudo del arzobispo Rojas, decorada con motivos vegetales y pequeñas figuras humanas. Un real decreto de 3 de agosto de 1979 declaraba este templo Monumento Histórico Nacional.
