La Iglesia de Santiago constituye una de las manifestaciones más notables, si no la mejor, de la arquitectura mudéjar de la provincia de Granada. El exterior es un juego de volúmenes encalados, salvo el color cobre de sus tejados y torre, de fábrica de ladrillo con cajones blancos, no muy alta y con chapitel piramidal cubierto de azulejo.

En este exterior contrasta la portada plateresca -obra de Siloé-, sobre el encalado del conjunto. Es un panel en el que toda la iconografía y decoración están encajadas sobre la piedra, como si se tratara de un retablo.
Tiene dos cuerpos. El inferior, con pilastras y hornacinas para santos, se remata con entablamento que sirve de base al superior. En éste hay una gran hornacina para el titular, Santiago, y abundante heráldica. A los lados, las insignias del obispo Antonio del Águila; y, arriba, la Imperial.

El interior se estructura dentro del modelo de las iglesias goticomudéjares. Tres naves y capillas laterales separadas por arcos sobre soportes góticos. Al fondo el coro de las monjas. La capilla mayor es ochavada y la precede un solemne arco de medio punto. Las cubiertas de las naves laterales son sencillas, pero la central tiene gran armadura, una magnifica muestra de carpintería mudéjar. El presbiterio se cubre con cúpula muy original que recuerda la de Santa Isabel la Real, en el Albaicín granadino. La gran novedad de esta iglesia está en los testeros de la naves laterales, que no terminan en una pared plana, sino en paño curvo que acaba por encontrase con el arco toral.
 

El proyecto para construir la iglesia de Santiago hay que relacionarlo con las obras que se hacían en la catedral a mediados del siglo XVI. El cardenal Ávalos, obispo de Guadix, llamó a Siloé para trabajar en el templo metropolitano y le encargó también el programa decorativo de Santiago, principalmente la portada y el retablo, hoy desaparecido. El citado cardenal concibió el proyecto de Santiago como mausoleo propio y como iglesia conventual.