La iglesia de Santa María de la Alhambra se construyó a partir de 1576 y se terminó con las trazas de Ambrosio de Vico de 1607, aunque se habían hecho otros planos anteriores por los arquitectos reales Juan de Herrera, el constructor de El Escorial, Juan de Orea y Francisco de Mora, que fueron rechazados por su coste económico y su estilo que no coincidía con el mudéjar imperante en nuestra tierra.

Esta iglesia ha sido estudiada magníficamente por José Manuel Gómez-Moreno Calera. Su estructura es simple con una sola nave con tres capillas laterales a cada lado, un ancho crucero cubierto con cúpula y una torre lateral. El exterior se alzó siguiendo la tradición mudéjar con ladrillo, excepto los cimientos que se hicieron con piedra. Por desgracia no se hicieron las portadas, ni la principal a los pies, ni la lateral, quedando sin decoración, destacando sólo los escudos real y episcopales de la fachada principal, y el campanario de la torre.

En el interior destaca el retablo de Juan López de Almagro, hecho en 1671 con columnas corintias. Lo preside un Crucificado de Alonso de Mena, a sus lados Santa Úrsula y Santa Susana, también de Mena, y rematando todo la Trinidad. También está en una capilla la Piedad de Torcuato Ruíz del Peral, de 1750 a 1760, que sale en el paso de la Hermandad de Santa María de la Alhambra.

En el siglo XIX estaba sobre la puerta de la Sacristía, y ahora en el Museo de la Alhambra, la inscripción visigoda del noble Gudiliuva, según la cual se construyeron en Granada tres iglesias en la etapa visigoda, y posiblemente la de San Esteban ocupara este mismo solar de la mezquita y la iglesia posteriores, aunque no tenemos datos arqueológicos que lo confirmen.