El Convento de Santa Clara de Loja  fue declarado BIC por Real Decreto de 28 de junio de 1997. Se trata del único convento de monjas de la ciudad fundado en 1505 por Fray Fernando de Talavera, primer arzobispo de Granada y confesor de la Reina Isabel. Tras distintas vicisitudes se les dio posesión a las hermanas clarisas, procedentes de Málaga, el 7 de septiembre de 1527 y que permanecieron en este lugar hasta 1991.

Su iglesia destaca por su elegante y proporcionada planta con pinturas al fresco de los hermanos Cieza, con asuntos sobre la vida de Cristo en recuadros divididos por arquitectura fingida. Su portada es de estilo gótico-isabelino y tiene heráldica de Talavera. El retablo barroco (1760) es de la autoría de Gregorio Salinas.

En la actualidad aparece incompleto por los destrozos sufridos en 1936. A los pies del templo están los coros protegidos por celosías de hierro. La sillería de este coro fue adquirida con una donación de 5.000 pesetas concedidas por Isabel II con motivo de su visita a este convento.

Cuenta el convento con patio porticado con arquería sobre finas columnas, fuente de taza octogonal y naranjos. El claustro es de plantas rectangulares, con arcos de ladrillo sobre columnas mudéjares.